Kes COVID-19 yang pertama dikesan di Malaysia adalah pada bulan Januari 2020, daripada kalangan warganegara luar yang memasuki negara ini. Pada bulan Februari berikutnya, kes tempatan pertama di Malaysia telah dikenal pasti. Himpunan agama Jemaah Tabligh yang diadakan di Masjid Jamek Seri Petaling, Kuala Lumpur, yang bermula pada hujung bulan Februari, dikaitkan dengan lonjakan ketara kes di Malaysia dan di negara jiran. Pada satu ketika, hampir dua-pertiga kes di negara ini berkait rapat dengan majlis tersebut. Perintah Kawalan Pergerakan (PKP) diumumkan pada 16 Mac 2020, dan keesokan harinya pula kes kematian telah dilaporkan di dalam negara untuk kali pertama.Bilangan kes aktif mencapai kemuncak pada bulan April dan kemudian menurun secara perlahan-lahan, menyebabkan pelonggaran sekatan perintah duduk di rumah untuk beberapa bulan selanjutnya. Sejak pertengahan bulan September, letusan wabak COVID-19 di Sabah, Selangor, Kuala Lumpur, Negeri Sembilan, Johor, Pulau Pinang dan Kedah menyebabkan lonjakan semula kes COVID-19 yang mendadak di seluruh negara.